A célula vegetal contém inúmeras substâncias que apresentam cor, dentre elas os pigmentos fotossintetizantes. Para facilitar a observação de estruturas em cortes histológicos manuais, estes devem ser submetidos a clarificação, técnica que remove esses pigmentos.
A técnica consiste em mergulhar os cortes histológicos manuais em solução de