A Secretaria Federal de Controle Interno, de acordo com o Decreto no 3.591/2000, desempenha as funções operacionais de competência do Órgão Central do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal. Assim, dentre outras, é de sua competência
I. avaliar o desempenho da auditoria interna das entidades da Administração indireta federal. II. verificar a observância dos limites e das condições para realização de operações de crédito e inscrição em Restos a Pagar. III. julgar a prestação de contas anual do Presidente da República. IV. exercer o controle das operações de crédito, avais, garantias, direitos e haveres da União. V. emitir parecer sobre as contas prestadas anualmente pelo Presidente da República, no prazo de 60 dias a contar de seu recebimento.