A divisão clássica dos eucariotos passou por significativa
reformulação nos últimos anos, dando lugar a uma divisão
em seis supergrupos baseados em análises filogenéticas
multigênicas, além de características morfológicas e bioquímicas. Dentre esses supergrupos, três deles compõem
protozoários de interesse médico e veterinário: Amoebozoa,
Chromoalveolata e Excavata. São exemplos de organismos
destes grupos respectivamente: