A amostra analisada em citometria de fluxo deve-se encontrar em forma de suspensão. Existem amostras que precisam de um mínimo de processamento, como o sangue periférico, a medula óssea, ou outros fluidos biológicos, enquanto tumores sólidos ou amostras parafinadas não podem ser analisados com esse método por necessitarem de degradação mecânica forte para garantir a suspensão.