O município de Florianópolis apresenta uma diversidade significativa de ecossistemas aquáticos, como rios, lagunas, manguezais e pântanos, que devem ser monitorados, de forma que os processos de degradação possam ser evitados ou revertidos. A mortandade de peixes em ambientes lênticos, por exemplo, demanda respostas urgentes do órgão ambiental responsável. Entre as análises a serem feitas para identificar a causa e a origem desse problema, destaca-se a: