A identificação molecular de micobactérias é essencial
para que se conheça a epidemiologia das diferentes espécies. Com a redução do custo do sequenciamento de DNA
e aumento da disponibilidade de sequenciadores de DNA,
a amplificação e sequenciamento parcial de genes de cópia
única tem sido cada vez mais utilizada nos laboratórios
de micobactérias. São utilizados mais frequentemente os
seguintes alvos gênicos para essa finalidade: