No sistema operacional Linux, a interface shell...

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Ano: 2024Banca: FIOCRUZOrganização: FIOCRUZDisciplina: Sistemas Operacionais e Ambiente de RedesTemas: Sistema Operacional Linux | Instruções

No sistema operacional Linux, a interface shell permite tanto executar programas distribuídos com o sistema operacional como desenvolver programas customizados. O comando shell, que permite iterar todos os arquivos fastq no diretório atual e mapeá-los no banco de dados denominado “referencia”, o qual contém o genoma de referência indexado, também no diretório atual, produzindo arquivos .sam como saída, é:

ls *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam

search for *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam

for i in `ls *.fastq`; do bwa mem referencia $i > ${i/. fastq/.sam}; done

grep *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam

find *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam

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Ano: 2024Banca: FIOCRUZOrganização: FIOCRUZDisciplina: Sistemas Operacionais e Ambiente de RedesTemas: Sistema Operacional Linux | Instruções

ls *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam

search for *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam

for i in `ls *.fastq`; do bwa mem referencia $i > ${i/. fastq/.sam}; done

grep *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam

find *.fastq | bwa mem referencia *fastq > *.sam

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