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Para o bom funcionamento de um biotério, é importante que as condições de higiene do meio ambiente sejam mantidas e nessa prática alguns cuidados devem ser observados, principalmente em biotérios destinados à manutenção de animais livre de patógenos (utiliza-se a sigla SPF do idioma inglês: specific-patogen-free).
Todos os fatores abaixo indicam práticas importantes para uma manutenção adequada do controle sanitário e físico-químico do meio ambiente do biotério, EXCETO: