No biotério, o ambiente onde se encontra o animal é dividido em macro e microambiente, sendo a gaiola o divisor entre os dois. Atualmente, as gaiolas mais utilizadas são feitas de plástico, por serem mais baratas, mais leves, bastante duráveis e resistirem aos métodos de esterilização. O desenho das gaiolas deve ser tal que não permita “cantos vivos” em seu interior, já que os animais tendem a roer qualquer saliência para tentar escapar. No caso dos pequenos roedores, as gaiolas seguem o desenho retangular e são fechadas por cima com uma “tampa” de aço inoxidável, que permite a acomodação da ração peletizada e do frasco bebedouro. As tampas são muito importantes, porém restringem a ventilação, o que nos leva a considerar, cuidadosamente, a adoção de campânulas ou filtros por cima das gaiolas, uma vez que isso aumenta o nível de amônia em seu interior. O ideal é que tenhamos um sistema de ventilação forçada para dentro das gaiolas.