Existem vários mecanismos patogênicos envolvidos com a determinação das Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA). Pode-se agrupar corretamente as DTA em uma das seguintes categorias:
A Intoxicações não bacterianas, que são causadas por microrganismos toxigênicos, cujo quadro clínico é provocado por toxinas liberadas quando estes se multiplicam, esporulam ou sofrem lise na luz intestinal.
B Intoxicações, que são provocadas pela ingestão de toxinas formadas em decorrência da intensa proliferação do microrganismo patogênico no alimento.
C Infecções,quando outros agentes não bacterianos estão envolvidos, como nas intoxicações por metais pesados, agrotóxicos, fungos silvestres, plantas e animais tóxicos.
D Toxinfecções, que são causadas pela ingestão de microrganismos patogênicos, denominados invasivos, com capacidade de penetrar e invadir tecidos.