O planejamento de ações no SUS é orientado a partir das decisões pactuadas entre todos os órgãos colegiados. Sobre isso ...

A elaboração e atualização periódica do plano de saúde e da proposta orçamentária do SUS é competência obrigatória e exclusiva dos Estados, devendo está em conformidade com o plano de saúde além de promover a articulação da política e dos planos de saúde. 

Cabe aos Conselhos de Saúde deliberar sobre as diretrizes para o estabelecimento de prioridades, isto é, todos os conselhos: nacional, estaduais, municipais e do Distrito Federal e não apenas o Conselho Nacional de Saúde como está no art. 37 da Lei nº 8.080/90. 

Os planos de saúde serão a base das atividades e programações de cada nível de direção do SUS, e seu financiamento será planejado na respectiva proposta orçamentária, permitindo a transferência de recursos para o financiamento de ações não previstas nos planos de saúde. 

O processo administrativo no planejamento deve ser ascendente, do nível federal ao local, mantendo assim o fluxo hierárquico na elaboração dos planos de saúde;

O plano de saúde não pode extrapolar o que foi previsto no Plano Plurianual (PPA). Sendo assim, no PPA as metas são agregadas para o período. Enquanto no plano de saúde são desagregadas para cada exercício. As metas de um e de outro instrumento, portanto, não podem ser simplesmente transpostas de um para outro instrumento.