Embora sejam amplamente utilizados em laboratórios de
pesquisa, os pipetadores automáticos também
apresentam algumas desvantagens. Por exemplo, sua
manutenção pode ser mais complexa e dispendiosa do
que a dos pipetadores manuais. Além disso, a calibração
frequente é necessária para garantir a precisão, o que
pode aumentar o tempo de inatividade do equipamento.
Outro ponto a ser considerado é que, apesar de serem
mais rápidos, os pipetadores automáticos não são
recomendados para manuseio de substâncias altamente
viscosas ou com tendência a cristalizar, pois isso pode
danificar os mecanismos internos do dispositivo.