As competências de cada um dos níveis do sistema de saúde (municipal, estadual e federal) abarcam todo o espectro das funções de vigilância epidemiológica. As ações executivas, por questões orçamentárias, são inerentes ao nível nacional e ao estadual; além disso, compete ao nível municipal conduzir as ações de caráter estratégico, de coordenação em seu âmbito de ação e de longo alcance, além da atuação de forma complementar ou suplementar aos demais níveis.