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Segundo a Lei nº 8.142, de 28 de dezembro de 1990, os recursos do Fundo Nacional de Saúde (FNS) serão alocados como:
I – Despesas de custeio e de capital do Ministério da Saúde, seus órgãos e entidades, da administração direta e indireta.
II – Investimentos previstos em lei orçamentária, de iniciativa do Poder Legislativo e aprovados pelo Congresso Nacional.
III – Investimentos previstos no Plano Quinquenal do Ministério da Saúde.
IV – Cobertura das ações e serviços de saúde a serem implementados pelos Municípios, Estados e Distrito Federal.