A gestão do Sistema Único de Saúde (SUS) se dá por meio da atuação, dentre outras instâncias,

da Comissão Intergestores Tripartites, no âmbito do Estado, vinculada à Secretaria Estadual de Saúde para efeitos administrativos e operacionais, a qual será ouvida previamente à pactuação das diretrizes gerais para a composição da Relação Nacional de Ações e Serviços de Saúde (RENASES).

do Conselho de Saúde, órgão colegiado instituído em caráter permanente e consultivo, composto por representantes do governo, prestadores de serviço, profissionais de saúde e usuários, atuando na formulação de estratégias e no controle da execução da política de saúde na instância correspondente. 

do Fundo Nacional de Saúde, pelo qual os recursos serão alocados diretamente para os Municípios que estabelecerem fundo de saúde, conselho de saúde, plano de saúde, comissão de elaboração de plano de carreira, cargos e salários e consórcios regionais para execução de ações e serviços de saúde. 

do Conselho Nacional de Secretários de Saúde (CONASS) e do Conselho Nacional de Secretarias Municipais de Saúde (CONASEMS), que receberão recursos do orçamento geral da União por meio do Fundo Nacional de Saúde, para auxiliar no custeio de suas despesas institucionais. 

da Conferência de Saúde, que se reunirá a cada três anos com a representação dos vários segmentos sociais, para avaliar a situação de saúde e propor as diretrizes para a formulação da política de saúde nos níveis correspondentes, convocada pelo Poder Legislativo ou, extraordinariamente, pelo Poder Executivo.