Está plenamente adequada a pontuação da seguinte frase:

Se, as leis da religião pretendem levar o indivíduo, ao exercício da bondade, o desígnio das leis civis em qualquer sociedade é: contribuir para o bem de todos, não importando a religião que cada um professe, ou deixe de professar.

Se as leis da religião pretendem levar o indivíduo, ao exercício da bondade, o desígnio das leis civis, em qualquer sociedade, é contribuir para o bem de todos; não importando a religião que, cada um, professe ou deixe de professar.

Se as leis da religião pretendem levar o indivíduo, ao exercício da bondade, o desígnio das leis civis em qualquer sociedade é contribuir para o bem de todos não importando a religião, que cada um professe ou deixe de professar.

Se as leis da religião pretendem levar o indivíduo ao exercício da bondade, o desígnio das leis civis, em qualquer sociedade, é contribuir para o bem de todos, não importando a religião que cada um professe ou deixe de professar.

Se as leis da religião, pretendem levar o indivíduo ao exercício da bondade, o desígnio das leis civis em qualquer sociedade, é contribuir para o bem de todos não importando a religião que cada um professe, ou deixe de professar.