Um componente importante na anotação de um genoma é a identificação precisa dos genes e sua estrutura
no genoma. Os preditores de genes ab initio possuem um
papel fundamental nesta etapa. Muitos desses programas
utilizam modelos ocultos generalizados de Markov (GHMM
– Generalized Hidden Markov Model). Neste contexto, para
se utilizar um preditor de genes ab initio é importante: