No que concerne ao indulto, à anistia e à reabilitação, o Código de Processo Penal Militar determina que:

concedido o indulto ou comutada a pena, o juiz, somente por iniciativa do interessado ou do Ministério Público, mandará juntar aos autos a cópia do decreto, a cujos termos ajustará a execução da pena, para modificá-la, ou declarar a extinção da punibilidade.

concedida a reabilitação, após transitar em julgado a sentença condenatória, o auditor, de ofício, ou por iniciativa do interessado ou do Ministério Público, declarará extinta a punibilidade.

mesmo indeferido o pedido de reabilitação, em qualquer hipótese, poderá o condenado renová-lo, antes do decurso de dois anos.

o indulto, a anistia e a comutação da pena são concedidos pelo Ministro da Justiça e poderão ser requeridos pelo condenado ou, se não souber escrever, por procurador ou pessoa a seu rogo.

a revogação da reabilitação será decretada pelo auditor, de ofício ou a requerimento do interessado, ou do Ministério Público, se a pessoa reabilitada for condenada, por decisão definitiva, ao cumprimento de pena privativa da liberdade.