Um procedimento padrão de detecção de patologias na citometria de fluxo pode ser descrito da seguinte maneira: as células que serão analisadas se acoplam a um fluorocromo, diretamente ou por meio de uma proteína, geralmente um anticorpo monoclonal que reconhece um epítopo específico da célula; posteriormente, as células suspensas em uma solução fisiológica são injetadas em um sistema de fluidos para serem expostas individualmente a um jato de luz focalizada (laser), o qual, ao chocar-se com cada célula, se desvia, sendo essa mudança de direção registrada por detectores especiais.