A fístula de segundo arco branquial tem sua abertura na pele da borda anterior do músculo esternocleidomastódeo: com trajeto ascendente, penetra no platisma e na fáscia cervical, passa pela bifurcação da artéria carótida comum, tendo anteriormente os nervos hipoglosso e glossofaríngeo e posteriormente o músculo digástrico, e termina na fossa tonsilar.