I. A identificação de sequências pelo BLAST apresenta um
problema de circularidade associada a identificação.
II. BLAST fornece uma medida do grau de homologia, isto é
ancestralidade comum, entre as duas sequências
comparadas.
III. Uma ferramenta comum para inferência de ortologia entre
duas sequências de genomas diferentes é usando a
ferramenta BBH (Best bi-directional hit, em inglês).