Mucosite frequentemente acomete a cavidade oral e a faringe, onde pode ocorrer a infecção por microrganismos como cândida albicans e herpes-zóster. É uma consequência da quimioterapia mieloablativa e da radioterapia para tumores da cabeça e do pescoço.Também pode acometer a mucosa esofagiana após radioterapia do mediastino ou do pescoço.