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Várias cardiopatias estruturais com shunt direito-esquerdo através do canal arterial ou pelo forame oval são erroneamente diagnosticadas como hipertensão pulmonar persistente do recém-nascido. Na abordagem do recém-nascido com hipertensão arterial pulmonar persistente presumida é importante excluir essas patologias, dentre as quais pode-se citar: