As motivações que orientaram a fundação da Vila de São José de Macapá estão relacionadas

às reformas pombalinas, que, dentre outros objetivos, visavam modernizar e tornar mais eficaz a administração colonial portuguesa, garantindo seu território e um maior proveito da exploração colonial.

ao acirramento do controle do território por causa da mineração no Brasil, no século XVI, uma vez que bandeirantes descobriram jazidas de ouro não apenas no Sudeste, mas também na região Norte, motivando a cobiça daquele território por franceses e holandeses.

ao projeto das capitanias hereditárias com o propósito de ocupar e colonizar todo o território nacional, inclusive o Amapá, região sob a responsabilidade de um donatário designado pela Coroa, que se incumbiu de fundar uma vila.

ao apogeu da exploração do látex na região Norte, visto que a fundação da capital coincide com um período de prosperidade do Pará, em virtude das demandas por borracha no mercado internacional.

à expulsão dos jesuítas no Brasil, uma vez que a nomeação de um Intendente português, Coriolano Jucá, para administrar a cidade, tinha como função substituir o poder antes exercido pela Igreja.