O uso prolongado de ventilação pulmonar mecânica não é isento de complicações pulmonares, como atelectrauma, barotrauma, volutrauma e biotrauma, mesmo com o uso de ventilação protetora. Além disso, as complicações de via aérea também são bastante frequentes, sendo assim indicada a realização de traqueostomia em crianças ventiladas por um período superior a trinta dias.