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Ao combater a febre amarela, Oswaldo Cruz enfrentou vários problemas. Grande parte dos médicos e da população acreditava que a doença se transmitia pelo contato com roupas, suor, sangue e secreções de doentes. No entanto, Oswaldo Cruz acreditava em uma nova teoria: o transmissor da febre amarela era um mosquito. Assim, suspendeu as desinfecções, método então tradicional no combate à moléstia, e implantou medidas sanitárias com brigadas que percorreram casas, jardins, quintais e ruas, para eliminar focos de insetos. Sua atuação provocou violenta reação popular.
Em 1904, a oposição a Oswaldo Cruz atingiu seu ápice. Com o recrudescimento dos surtos de varíola, o sanitarista tentou promover a vacinação em massa da população. Os jornais lançaram uma campanha contra a medida. O congresso protestou e foi organizada a Liga Contra a Vacinação Obrigatória. No dia 13 de novembro, estourou a rebelião popular e, no dia 14, a Escola Militar da Praia Vermelha se levantou. O governo derrotou a rebelião, mas suspendeu a obrigatoriedade da vacina.
Oswaldo Cruz acabou vencendo a batalha. Em 1907, a febre amarela estava erradicada do Rio de Janeiro. Em 1908, uma epidemia de varíola levou a população aos postos de vacinação. O Brasil finalmente reconhecia o valor do sanitarista.
A “batalha” que Oswaldo Cruz venceu refere-se à busca de reconhecimento pelo seu trabalho de sanitarista, o qual só veio quando a população passou a acreditar que a vacinação era o único meio de vencer a epidemia de varíola que se manifestou em 1908.