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A cor da água é devida à presença de matéria orgânica, como, por exemplo, substâncias húmicas e taninos, metais, como o ferro e o manganês, ou resíduos industriais coloridos. Nesse caso, a determinação físico-química mais utilizada rotineiramente e de menor custo é a espectrofotometria no ultravioleta-visível (UV-VIS).