A reserva de água explotável do aquífero Guarani corresponde a 45.000 km³.

A escassez de água para consumo, os altos índices de contaminação dos principais mananciais e os custos elevados de tratamento têm levado a uma exploração intensa, em Goiás, de fontes subterrâneas de água, em especial do aquífero Guarani — o maior sistema aquífero do mundo, com volume permanente de 45.000 km³. Um estudo feito pela UnB, em 2009, identificou pelo menos sete municípios goianos que fazem intenso uso dessas águas subterrâneas para consumo humano ou para atividades econômicas. A Secretaria Estadual do Meio Ambiente e Recursos Hídricos de Goiás (SEMARH) já concedeu mais de mil outorgas para extração de água subterrânea. Contudo, esse número crescente de autorizações tem gerado preocupação acerca da sobre-explotação das águas do aquífero.

Na região de Araraquara, onde se encontra a maior concentração do aquífero Guarani, um levantamento estadual identificou 88 fontes potenciais de contaminação. O próximo passo será cruzar o mapa de localização dessas fontes com o de vulnerabilidade do aquífero. No município araraquarense, uma fonte potencial de contaminação é um aterro sanitário, cujo fechamento foi estabelecido mediante termo de ajustamento de conduta firmado entre a prefeitura e a promotoria do meio ambiente. Nesse aterro, o lixo é depositado em sucessivas camadas e recoberto com terra, sem um sistema efetivo de impermeabilização em sua base. Após o seu fechamento definitivo, o aterro deverá passar por um processo de remediação.