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Em ambientes aquáticos naturais, a concentração de nitrogênio amoniacal total compreende as formas do íon amônio (NH4+) e amônia (NH3) em equilíbrio, sendo que ambas as formas podem provocar danos significativos aos organismos aquáticos. No entanto, muitos pesquisadores concordam que a forma química mais tóxica é a amônia, devido a sua capacidade de difusão pelas membranas celulares. Considerando o equilíbrio existente entre as formas ionizada e não ionizada, a Resolução Conama n. 357/2005, que dispõe sobre a classificação dos corpos de água, estabelece, para uma mesma classe de rio, diferentes valores máximos de concentração para o nitrogênio amoniacal total de acordo com