O gestor federal é responsável pela gestão da política de alta complexidade/custo no âmbito do estado, mantendo vinculação com a política estadual, sendo consideradas intransferíveis as funções de definição de prioridades assistenciais e programação da alta complexidade, incluindo: a coordenação da implementação de mecanismos de regulação da assistência em alta complexidade (centrais de regulação, implementação de protocolos clínicos, entre outros); o controle e a avaliação do sistema, quanto à sua resolubilidade e acessibilidade.