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A microbiologia ambiental é a interface entre as Ciências Ambientais e a Ecologia Microbiana. Estuda os microrganismos e suas funções na condução de processos nos sistemas naturais e prioriza os efeitos provocados pela presença e atividade desses no meio ambiente. Os ecossistemas são formados pelas comunidades biológicas e pelos componentes abióticos. Cada ecossistema apresenta uma diversidade de microrganismos distribuídos em categorias. Os microrganismos residentes e naturais de um determinado ambiente são denominados: