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Em indivíduos comprometidos, a cavidade oral talvez seja o primeiro local onde se notam infecções focais, fato que pode estar associado à deterioração da função imune associada a condições específicas ou devido aos procedimentos clínicos. Essas infecções podem ser causadas pela microbiota comensal endógena de baixa patogenicidade ou organismos exógenos adquiridos do ambiente. Tanto os micro-organismos virulentos quanto os não virulentos da microbiota comensal podem causar doenças fatais. Com relação às infecções e os micro-organismos que acometem indivíduos comprometidos, podemos afirmar que: