O principal desafio do fraturamento hidráulico é a potencial contaminação de aquíferos subterrâneos devido à migração de fluidos de fratura e metano. Para mitigar esse risco, são implementadas barreiras de proteção, como revestimentos de aço e concreto em poços, além de monitoramento contínuo da qualidade da água ao redor dos poços de extração.