A nova comarca compreendia os julgados de Porto Real, Natividade, Conceição, Arraias, São Félix, Cavalcante, Traíras e Flores. O arraial de Aparecida do Rio Negro, que já tinha sido cabeça de julgado, perde essa condição, que foi transferida para Porto Real, ponto que começava a prosperar com a navegação do Tocantins. Enquanto se fundava a vila de São João das Duas Palmas, Natividade seria a sede da ouvidoria. A função primeira de Theotônio Segurado era designar o local onde deveria ser fundada essa vila.