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De acordo com a Lei n. 8.142/1990, os recursos do Fundo Nacional de Saúde (FNS) serão alocados como:
I – despesas de custeio e de capital do Ministério da Saúde, seus órgãos e entidades, da administração direta e indireta.
II – investimentos previstos em lei orçamentária, de iniciativa do Poder Executivo e aprovados pelo Congresso nacional.
III – investimentos previstos no Plano Bienal do Ministério da Saúde.