Em geral, as subfunções podem ser combinadas com funções diferentes daquelas as quais estão relacionadas na Portaria MOG nº 42/ 1999. O Ministério do Planejamento indica que se deva adotar como função aquela que é típica ou principal do órgão. Assim, a programação de um órgão, em regra, é classificada em uma única função, ao passo que a subfunção é escolhida de acordo com a especificidade de cada ação governamental. Constituem exceções a essa regra, ou seja, não podem ser combinadas com funções diferentes das quais estão imediatamente relacionadas na Portaria MOG nº 42/ 1999 as seguintes subfunções: