Para o diagnóstico dos subtipos HPV16 e HPV18, considerados oncogênicos e relacionados ao câncer de colo uterino, pode ser utilizada a captura híbrida de HPV de esfregaço de colo uterino, exame qualitativo que determina a presença de um pool de cepas virais, mas somente a genotipagem evidencia a cepa do HPV utilizando a reação de polimerase em cadeia (PCR).