Em 2003, ocorreu a transferência da competência do Ministério do Desenvolvimento Agrário (MDA), relativa à Ater, para o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA). A partir desse ano, ficou evidente a política governamental de concentrar a regulação e o fomento das ações da Ater no MDA, e não mais no MAPA que, de fato, pouco vinha fazendo em relação a essa atribuição que lhe fora legalmente determinada.