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A função intestinal também estará afetada nos pacientes com lesão medular (LM). A motilidade do cólon é basicamente autônoma recebendo pouca influência do sistema nervoso central. Após uma fase inicial de íleo neurogênico que pode ocorrer na fase aguda da LM, o tubo digestivo retorna a apresentar movimentos peristálticos, ficando somente comprometi do o funcionamento esfincteriano. O esfíncter anal compõe-se de uma porção interna de controle involuntário e uma porção externa de controle voluntário. O esfíncter anal interno permanece contraído a maior parte do tempo. Seu relaxamento é determinado por arco reflexo desencadeado pela chegada das fezes à ampola retal. Nas lesões acima do cone medular, este reflexo está preservado e às vezes hiperativo, sendo a perda do controle do esfíncter anal externo que, nesses casos, normalmente mantém-se: