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Os órgãos de controle interno que atuam nas diversas unidades administrativas do governo federal são independentes em relação ao Tribunal de Contas da União, não estando a esses subordinados e nem vinculados. Desse modo, possuem liberdade para investigar possíveis desvios ocorridos na unidade administrativa em que se encontram inseridos, sem a necessidade de receber orientações ou prestar informações sobre o que ocorre, ou mesmo fazer apreciação a respeito do fato.