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O complexo HLA é uma região genômica de alta densidade gênica. Mais de 200 genes já foram identificados em uma região genômica de aproximadamente 4 megabases.
Os genes da região de classe II do complexo HLA codificam diversas moléculas envolvidas com as respostas imunitárias, entre elas proteínas do sistema complemento e citocinas pró-inflamatórias como o fator de necrose tumoral (TNF).