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Inúmeros estudos de associação entre alelos e(ou) genótipos de diversos genes do sistema HLA já foram e estão sendo realizados. Muitas doenças, em especial doenças autoimunes, já foram correlacionadas com a presença de variantes específicas do complexo HLA. O alto índice de polimorfismo do complexo HLA torna este sistema ideal para diversas inferências populacionais e de ancestralidade. Um exemplo disso é a utilização de polimorfismos do sistema HLA para exclusão de paternidade.
Considerando as características da família abaixo identificada e suas especificidades de classe I, e desconsiderando eventos de recombinação dentro do complexo HLA, é correto afirmar que os dois haplótipos HLA do pai são (a) HLA-A*01010101-B*15010101-Cw*030305 e (b) HLA-A*020102-B*070201-Cw*010201.
Pai: HLA-A*01010101, -A*020102, -B*070201, -B*15010101, -Cw*010201, -Cw*030305
Mãe: HLA-A*24020101, -A*240203, -B*070201, -B*080109, -Cw*0103, -Cw*05010101
Filho: HLA-A*01010101, -A*24020101, -B*080109, -B*15010101, -Cw*030305, -Cw*05010101