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As elevadas cargas orgânicas e de nutrientes, presentes nos esgotos domésticos e industriais, podem provocar a mortalidade de organismos aquáticos, devido à diminuição das concentrações de oxigênio dissolvido da água e à elevação de concentrações de substâncias tóxicas.
Altas concentrações de amônia podem estar presentes em ambientes aquáticos naturais que recebem águas usadas, dejetos industriais e agrotóxicos. A amônia, na forma não ionizada (NH3), é a substância mais tóxica para os organismos aquáticos.