Os tribunais de contas, como corporações administrativas autônomas que assistem ao parlamento e ao governo, não têm subordinação a nenhum poder, ou seja, não são órgãos do Poder Legislativo. Contudo, admite-se uma única exceção: suas decisões podem ser reformadas pelo Conselho Nacional de Justiça, já que o STF não tem competência para regular matéria relacionada às referidas cortes de contas.