A reprodutibilidade é um princípio essencial em...

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Ano: 2025Banca: FUVESTOrganização: USPDisciplina: Engenharia de SoftwareTemas: Gestão de Configuração

A reprodutibilidade é um princípio essencial em Bioinformática, permitindo que análises sejam repetidas com os mesmos dados e ferramentas em diferentes ambientes. Diversas estratégias podem ser adotadas para minimizar variações na execução de pipelines. Diante desse cenário, qual das abordagens a seguir representa a melhor estratégia para garantir a reprodutibilidade de um pipeline bioinformático?

Executar os scripts manualmente sempre que necessário, garantindo que cada etapa seja revisada antes da execução para minimizar erros.

Utilizar Snakemake ou Nextflow para estruturar workflows automatizados e empregar contêineres como Docker ou Singularity para padronizar o ambiente de execução.

Rodar o pipeline em um único computador sem conexão com a internet, garantindo que as versões das ferramentas permaneçam fixas ao longo do tempo.

Depender exclusivamente de clusters computacionais institucionais, pois esses ambientes são configurados para sempre fornecer as mesmas versões de ferramentas para qualquer usuário.

Configurar todas as dependências manualmente e anotar versões de software em um arquivo de texto, permitindo que usuários repliquem a instalação em suas máquinas.

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