O PSE é um programa de gestão compartilhada entre o Ministério da Saúde e o Ministério da Educação. No que tange à atuação dos nutricionistas, é de responsabilidade do Ministério da Educação, por meio do Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE), contratar e capacitar os profissionais que atuarão nas unidades educativas.