No processo de coleta de frutos, é corriqueiro estes virem acompanhados de impurezas, como folhas, galhos, frutos verdes...

O beneficiamento pode ser feito de forma manual ou mecânica, dependendo das necessidades de recursos, quantidade de frutos, qualidade do lote e, principalmente, características do fruto e das sementes.

A maior parte do beneficiamento de sementes de espécies florestais nativas é voltada ao processo manual. Algumas vezes, dependendo do caso, as sementes sofrem o processo de pré-limpeza, realizado normalmente por uma máquina constituída por peneiras e um sistema de ventilação. Por meio desse processo, as sementes sofrem uma limpeza grosseira, eliminando as impurezas maiores.

O processo de beneficiamento mecânico é baseado nas características físicas e morfológicas existentes entre frutos, sementes e impurezas, de forma que a separação da semente somente seja possível entre materiais que apresentem uma ou mais características diferenciais detectadas pelos equipamentos, cabendo ao operador a escolha do mais adequado, de acordo com as características apresentadas pelo lote de sementes.

Os métodos mecânicos utilizados no beneficiamento são ilimitados, visto que as máquinas adaptam as condições de beneficiamento e as características apresentadas pelas sementes. Quando são sementes de frutos secos, dependendo do método de coleta, normalmente são acompanhadas por maior quantidade de materiais indesejáveis que as sementes de frutos carnosos, por ocasião do beneficiamento. Em alguns casos, a operação de pré-limpeza torna-se importante para a melhoria do trabalho das máquinas, para que estas realizem maior rendimento e rapidez.