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De acordo com o protocolo do Ministério da Saúde/2009, a hepatite viral crônica B pode ser dividida em fases, sendo elas:
| 1ª Fase | 2ª Fase | 3ª Fase | 4ª Fase | |
|---|---|---|---|---|
| A | Incubação | Replicação viral | Latência | Portador sintomático |
| B | Secundária | Latência | Terciária | Não há |
| C | Primária | Secundária | Não há | Não há |
| D | Latência | Tolerância à replicação viral | Reativação | Não há |
| E | Imunotolerância | Imunoclearance | Portador inativo | Reativação |