Nas formas graves, com quadro clínico clássico ou fulminante, todas as doenças febris infecciosas com icterícia e hemorragia devem ser consideradas no diagnóstico diferencial. Malária, hepatites virais (hepatite fulminante e superinfecção pelo vírus B e D), leptospirose e dengue hemorrágica são importantes infecções que devem ser consideradas no diagnóstico diferencial de febre amarela.