São diretrizes do Programa de Proteção Integrada de Fronteiras: a atuação integrada e coordenada dos órgãos de segurança pública, dos órgãos de inteligência, da Secretaria da Receita Federal do Brasil do Ministério da Fazenda e do Estado-Maior Conjunto das Forças Armadas, nos termos da legislação vigente; e a cooperação e integração com os países vizinhos.